临床分离变形杆菌不典型第1类整合子结构分析

目的 确定临床分离变形杆菌中不典型第1类整合子的结构.方法 在26株第1类整合酶基因阳性可变区扩增失败的变形杆菌临床分离株中,选取6株通过反向PCR扩增第1类整合酶基因周围DNA片段,PCR产物测序结果通过BLAST进行比对分析,确定同源目标序列后,查看GenBank该提取码对应序列文件靶序列周围序列,再根据周围序列设计合成引物进行重叠PCR并测序验证.结果 通过反向PCR及重叠PCR测序分析,26株变形杆菌临床分离株中,25株细菌第1类整合子可变区结构全部或部分确定,其中22株细菌第1类整合子可变区结构为estX-psp-aadA2-cm-lA1-aadA1a-qacI-tnpA-sul3,另3株第1类整合子可变区分别为estX-psp-aadA2-cmlA1、dfrA14、IS26,均缺失3′保守区.结论 反向PCR可用于临床菌株中不典型第1类整合子结构分析,在临床分离变形杆菌中首次检出基因盒 psp 及基因盒组合 estX-psp-aadA2-cmlA1-aadA1a-qacI-tnpA-sul3、 estX-psp-aadA2-cmlA1.