青岛地区2008-2011年柯萨奇病毒A组16型流行及VP1基因特征

目的 阐明2008-2011年青岛地区手足口病(hand,foot,and mouth disease,HFMD)相关柯萨奇A组16型病毒(Coxsackievirus A16,CA16)流行情况及VP1基因特征.方法 首先采用荧光RT-PCR法对HFMD患者咽拭子标本进行总肠道病毒(enterovirus,EV)、柯萨奇病毒A组16型(CA16)和人肠道病毒71型(human enterovirus 71,EV71)检测;对CA16阳性的标本进行病毒分离培养,选取阳性分离株的代表株进行VP1基因全长序列的扩增及基因序列测定,并与GenBank中的CA16代表株进行核苷酸和氨基酸的同源性和亲缘性分析.结果 2008-2011年青岛地区CA16在HFMD相关肠道病毒中所占比例分别为39.0％、10.6％、46.9％和2.0％.46株CA16病毒VP1基因核苷酸和氨基酸的差异性分别为11.0％和2.0％.所有VP1序列在进化树上可分为2个分支,分别属于B1a亚型和Bib亚型.2008-2011年间CA16分离株中B1a亚型与B1b亚型的数量分别为9/7、7/1、3/11和2/6.结论 2008-2011年CA16青岛地区每两年出现一次流行高峰,B1a和B1b两个亚型一直共循环流行,2009年与2010年分别以B1a亚型和B1b亚型为优势流行,至2011年CA16在HFMD的病原谱中检出率极低.