甘蓝型油菜HMG基因家族的生物信息学分析

为研究甘蓝型油菜HMG(high mobility group)基因家族的起源、进化和功能,利用生物信息学方法对甘蓝型油菜和其近缘物种HMG基因家族进行鉴定,并对其进化、基因结构、组织表达、直系旁系同源基因进行系统分析.在甘蓝型油菜中鉴定到45个HMG家族成员,并根据进化树和基因结构将其分成5组.染色体定位发现,19条染色体中有18条染色体有HMG基因,说明该家族基因分布较广泛.在甘蓝型油菜与甘蓝、白菜和拟南芥分别鉴定到45、47和26个直系同源基因对.在甘蓝型油菜中鉴定到28个旁系同源基因对,而在其它3个物种中则比较少,这可能与甘蓝型油菜的多次基因组加倍有关.对45个甘蓝型油菜BnHMG基因在根和叶中的表达模式进行分析,结果显示,大多数基因在根和叶中均有表达,且呈现出不同的表达模式.