菊叶香藜转录组单核苷酸多态性(SNP)信息挖掘及功能注释分析

[目的]挖掘菊叶香藜转录组数据中的SNP信息,对具有SNP位点的unigene(SNP-unigene)进行功能注释分析,为菊叶香藜SNP分子标记的开发提供理论依据.[方法]利用Samtools和VarScan v.2.2.7软件寻找候选的SNP位点,并对SNP-unigene进行GO注释、COG注释和KEGG注释.[结果]在菊叶香藜花和叶转录组中,分别鉴定出了889个和673个SNP位点,转换分别占63.0％和62.7％,颠换分别占37.0％和37.3％,转换和颠换的比值分别为1.70和1.68,非编码区分别占21.15％和21.10％,编码区分别占67.27％和67.46％.菊叶香藜所有SNP位点分布于643条SNP-unigene上,功能注释结果显示,总共有343条SNP-unigene具有GO注释,370条SNP-unigene具有COG注释,232条SNP-unigene具有KEGG注释,这些SNP-unigene涉及较多的功能主要与代谢、核糖体、次生代谢产物的生物合成相关.[结论]本研究通过大规模地筛选菊叶香藜中的候选SNP位点,可以为研究菊叶香藜基因分型、构建遗传图谱等方面奠定基础,对于开发利用菊叶香藜植物资源具有重要的价值.