Análisis del genoma de un virus atípico de influenza aviar H5N2 de baja patogenicidad de origen mexicano

espanolWe analysed the genome of a low-pathogenic avian H5N2 influenza virus isolated from the faeces of experimentally infected Pekin ducks and Leghorn-type chickens to determine its origin and molecular characteristics. The complete genomic sequence was determined using a Sanger-based genome sequencing method and was subsequently characterized by phylogenetic analysis and genetic comparison. The results of this study showed that 8 genomic segments corresponded to an avian influenza virus that were related with strains isolated in Mexico. Investigation of the haemagglutinin gene revealed the presence of few basic amino acids at the cleavage site and lack of a potential N-glycosylation site at position 11. The gene encoding the PB1 protein lacked PB1-F2 and the basic polymerase gene codes for PA-X. In addition, the basic polymerase gene contained the consensus ribosomal frameshifting motif TCC TTT CGT C, which is required for the expression of the PA-X. Molecular characteristics showed that the virus has features of a low-pathogenic H5 influenza virus with the exception of a potential N-glycosylation site at position 11. The genome information for this particular virus will provide a molecular map for further in vivo studies to identify why some influenza viruses can persist in chickens for long periods of time. Such information will be useful in countries such as Mexico, where the virus has been a poultry health problem since 1994 and has the potential to evolve high pathogenicity MultipleEste estudio analizo el genoma de un virus de influenza aviar H5N2, aislado de heces de pollos tipo Leghorn y patos Pekin, infectados experimentalmente para conocer su origen y caracteristicas moleculares. La secuencia completa del genoma del virus se obtuvo por medio del metodo de secuenciacion de Sanger, una vez obtenida la secuencia, se caracterizo mediante comparacion genetica y analisis filogenetico. Los resultados del analisis mostraron que los ocho segmentos del genoma estan relacionados con virus aislados en Mexico. El analisis del gen de la hemoaglutinina revelo que codifica para pocos aminoacidos basicos en el sitio de corte y quiza carece de un sitio de glicosilacion en la posicion once. El gen que codifica para la proteina PB1 carece del fragmento PB1-F2, asi como en el gen de la PA se encuentra el fragmento PA-X. Tambien se observo, que el gen de la polimerasa contiene la secuencia consenso del ribosoma TCC TTT CGT C, requerida para la expresion de PA-X. Las caracteristicas moleculares demostraron que el virus corresponde a un virus de baja patogenicidad del subtipo H5 con excepcion del posible sitio once de glicosilacion. La informacion del genoma para esta cepa del virus, proveera un mapa molecular para futuros estudios in vivo que puedan contribuir a conocer por que algunos virus de influenza aviar persisten en los pollos por periodos prolongados. Esta informacion puede ser de utilidad en paises como Mexico, donde el virus ha estado en la avicultura desde 1994 y con el potencial de evolucionar a virus de alta patogenicidad.