草鱼TRAP-PCR反应体系的建立

目的:通过优化草鱼TRAP-PCR反应体系,将新型分子标记-靶位区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP)引用到草鱼遗传多样性研究中.方法:以草鱼DNA为材料,分析了模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物浓度,以及循环参数、退火温度对TRAP-PCR扩增结果的影响.结果:确立了稳定性强、重复性好的草鱼TRAP-PCR最佳反应体系和扩增参数:在25μl的PCR反应体系中,含约50ng模板DNA,1U Taq酶,1×PCR缓冲液,2.0mmol/L MgCl2,4种dNTPs各0.2mmol/L,固定引物与随机引物各15pmol;首先使模板在94℃变性3min;然后94℃变性1min,38℃退火1min,72℃延伸1min进行5个循环;接着94℃变性45s,55℃退火45s,72℃延伸1min再进行35个循环,最后72℃延伸7min.结论:TRAP-PCR反应体系稳定可靠,该新型分子标记可应用于草鱼遗传多样性研究中.