一株引起病毒性脑炎的埃可病毒30型分离株的VP1基因序列特征分析

目的 分析2009年昆明市病毒性脑炎患儿粪便中分离获得的埃可病毒30型(Echovirus30,Echo30)分离株A363/KM/2009全长VP1基因序列特征.方法 从疑似病毒性脑膜炎患儿粪便样本中分离Echo30,提取病毒RNA,采用RT-PCR法扩增病毒VP1基因,并进行测序.采用NCBI BLAST软件对所测定的序列进行数据库比对;采用Geneious软件对Echo30分离株全长VP1基因的核苷酸及氨基酸同源性进行分析;采用Mega 5.1软件对A363/KM/2009分离株进行VP1基因分析,并与20个参考株的VP1序列进行比较.结果 分离株为A363/KM/2009,其VP1基因的核苷酸长度与其他Echo30一致,均为867 bp;与其他Echo30分离株核苷酸同源性在76.9％～ 95.7％之间,氨基酸同源性在88.7％ ～ 99.7％之间;与中国株的核苷酸和氨基酸的同源性分别为84.5％～ 95.7％和96.9％～99.7％,其中与中国浙江分离株Echo30/zhejiang/10/4的同源性最高,为95.7％;与广西分离株GX10/15的同源性最低,为84.5％.氨基酸序列分析显示,与其他中国株包括脑脊液分离株相比,未见特异的突变位点;与国外分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.9％ ～ 86.3％和88.7％～97.3％;基因进化树分析显示,与其他中国株分属不同的两个分支,而与Ech030/zhejiang/10/4和Echo30/zhejiang/4/04(CSF)株亲缘关系较近.结论 A363/KM/2009分离株为肠道病毒Echo30,属于中国两个分支中的一支.