木麻黄EST序列中SSR的分布特征及有效SSR标记的筛选

从NCBI的EST数据库中获得的木麻黄EST序列共有34 752条,进行拼接后得到全长7 278.578 kb的非冗余序列(Unigene) 12 062条,并从中检索得到分布于353条Unigene的367个SSR位点,SSR检出率为2.93％,平均分布距离为19.83 kb,包括39种重复基序类型.其中,以二核苷酸和三核苷酸为主要类型,在总SSRs中所占比例分别为57.77％和34.60％;而二核苷酸重复基序中,AG/CT所占比例最高,为93.87％;在三核苷酸重复基序中AAG/CTT所占比例最高,为44.09％.对检索出的EST-SSR位点设计得到97对引物,其中32对为可有效扩增引物.Blastx分析发现77.3％的含SSR位点的EST序列与非冗余蛋白序列数据库中功能序列具有同源性,而功能已知的序列中葡萄来源的序列占有最大比例(10.4％).GO功能分类发现,含有SSR位点的EST序列中有47.3％至少具有1个GO注释,归入细胞组分的序列最多,而其中细胞质和细胞核的功能项所占比例较大.