基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究
Acta Pratacultural Science(2014)
Abstract
采用新一代高通量测序技术 Illumina HiSeq 2000对海滨雀稗叶片转录组进行测序,结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序,获得了47520544个序列读取片段(reads),包含了4752054400个碱基序列(bp)信息。对 reads 进行序列组装,获得81220个单基因簇(unigene),平均长度1077 bp,序列信息达到了87542503 bp。另外从长度分布、GC 含量、表达水平等方面对 unigene 进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。数据库中的序列同源性比较表明,46169个 unigene 与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。海滨雀稗转录组中的 unigene 根据 GO 功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类48个分支,其中有大量 uni-gene 与代谢进程、结合活性和细胞进程相关。将 unigene 与 COG 数据库进行比对,根据其功能大致可分为25类。KEGG 数据库作为参考,依据代谢途径可将 unigene 定位到112个代谢途径分支,包括苯丙氨酸代谢通路、植物与病原物互作、植物激素生物合成和信号转导、黄酮类化合物合成、萜类骨架生物合成、脂类代谢、RNA 降解等。SSR位点查找发现,从81220个 unigene 中共找到22721个 SSR 位点。SSR 不同重复基序类型中,出现频率最高的为A/T,其次是 CCG/CGG 和 AGC/CTG。本研究首次对海滨雀稗转录组进行了分析,为草坪草的分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据来源。
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Key words
Paspalum vaginatum,simple se-quence repeat,transcriptome,gene annotation,high-throughput sequencing
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