高通量测序技术用于丙型肝炎病毒感染溯源调查

目的：建立检测丙型肝炎病毒（HCV）准种群的Hiseq高通量测序（Hiseq测序）技术，并调查一起疑似通过共用针具传播HCV的案例。方法针对2015年1月15日在美沙酮门诊发现的1例HCV抗体阳转静脉注射吸毒者（编号P1），调查在其可能感染HCV的时期内（2014年3月24日之后）与其共用针具、HCV抗体阳性的4例静脉注射吸毒者（编号P2～P5）的流行病学信息，并以与P1在同一美沙酮门诊服药或者居住在同一乡镇、HCV抗体阳性的28例静脉注射吸毒者（编号C1～C28）作为研究对照。分别采集上述33名的全血样品5 ml，提取血浆中的RNA并逆转录后进行HCV基因亚型分析，对亚型与P1相同的样品进行Hiseq测序，分析样品中HCV的准种分布情况，计算样品内和样品间的基因离散率，绘制系统进化树。结果 P1样品的基因亚型为3b，与其亚型相同的样品有P2、C7、C12、C14、C15、C16、C19、C20、C28。其中9份成功进行了Hiseq测序，获得的有效序列数为249753～1086333条（平均869608条）。剔除重复序列后，获得3～172个（平均48个）独特准种群的序列。9份样品的样品内基因离散率中位数（P50）为0.4%～12.3%；P1与其余8份样品间基因离散率的P50（P25，P75）分别为19.0%（18.4%，19.8%）、10.4%（2.8%，18.3%）、19.6%（17.8%，21.4%）、24.9%（23.8%，26.1%）、19.8%（18.7%，20.7%）、20.1%（18.9%，21.2%）、20.6%（20.0%，21.1%）、23.6%（22.4%，24.8%），差异无统计学意义（T=9.40，P=0.100）；P1与C7个别准种群间的基因离散率为0。系统进化分析显示， P1与P2之间无传播关系，但与C7之间可能存在传播关系。结论 Hiseq测序技术可以在准种水平上有效地用于HCV感染溯源调查，具有高通量、操作较简便、成本相对低、实用价值较高的特点。