肺腺癌长链非编码RNA启动子DNA甲基化的生物信息学分析

背景与目的 肿瘤相关长链非编码RNA(lincRNA)的异常表达影响癌症的进程,是肿瘤进展机制研究的热点,然而其调控机制目前并不清楚.本研究通过生物信息学方法研究肺腺癌lincRNA启动子DNA甲基化水平与基因表达和预后的关系.方法 从TCGA网站下载肺腺癌Illumina Methylation 450K芯片的全基因组DNA甲基化数据及转录组数据,分析DNA甲基化在lincRNA基因附近的分布情况及与基因表达的关系;比较肿瘤组织和癌旁组织DNA甲基化和表达变化.结果 lincRNA启动子附近DNA甲基化水平较低,且与基因的表达水平呈负相关.在肿瘤组织和癌旁组织间,15个lincRNA的DNA甲基化水平存在显著差异,与其表达呈反向变化,包括与癌症发生发展相关的FINDER基因,该基因启动子高甲基化的肺腺癌病人预后较差,与基因表达作用刚好相反.结论 肺腺癌中一些lincRNA启动子的DNA甲基化水平能调控lincRNA的表达,进而与肺腺癌的预后有关.