Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri İle Kanserde Mitokondriyal DNA Analizi

Amaç: Hücre için başta enerji metabolizması ve yapı taşlarının üretimi olmak üzere oldukça önemli bir role sahip olan mitokondrinin kanserdeki rolü henüz tam olarak bilinmemektedir. Mitokondriyal genomdaki varyasyonlar ve polimorfizm kombinasyonları kullanılarak belirlenen haplogrupların farklı kanserlerdeki etkisi araştırılmaya devam edilmektedir. Bu nedenle, mitokondriyal genomu çoğaltarak yeni nesil yöntemlerle dizileme protokolünü optimize ederek kanser çalışmalarında kullanmayı amaçladık.Materyal ve Metod: Gliom tümör örneklerinden elde edilmiş genomik DNAlar’dan mitokondriyal genom iki ayrı reaksiyon halinde Takara LA Taq DNA polimeraz ile çoğaltılmıştır. “Nextera XT DNA Library Prep Kit” kullanılarak kütüphane oluşturulmuş ve yeni nesil dizileme MiSeq FGx cihazında gerçekleştirilmiştir. Elde edilen veriler “mtDNA Server” veritabanı kullanılarak mitokondriyal varyasyonlar, heteroplazmi oranları ve haplogruplar açısından analiz edilmiştir.Bulgular: Mitokondriyal genom için yeni nesil dizileme protokolü optimize edilmiştir. Detaylı analiz edilen iki tümör örneğinde çeşitli varyasyonlar ve bunların heteroplazmi oranları tespit edilebilmiştir. Ayrıca, örneklere ait haplogruplar da saptanmıştır.Sonuç: Mitokondriyal varyasyonların kanser biyolojisi üzerindeki etkisi hala araştırılmaktadır. Yeni nesil dizileme teknolojileri özellikle heteroplazmi oranı düşük tümörlerin analizinde kullanılabilecek güvenilir bir yöntemdir.