Genes con islas CpG amplificados con la mezcla formamida, albúmina sérica bovina y dimetilsulfóxido

Diversos aditivos quimicos han sido utilizados para garantizar la polimerizacion de genes con islas CpG. El objetivo de este trabajo fue disenar una mezcla potenciadora de PCR para amplificar genes con islas CpG. Con ese fin se analizaron fragmentos de los genes IRS2 y HNF1α con el programa EMBOSS CpG Report. Los iniciadores se disenaron con el programa Primer 3 y se analizaron con el programa e-PCR. Se usaron tres aditivos quimicos: Albumina serica bovina (0,1μg/μL), dimetilsulfoxido (5%) y formamida (5%) para 5 ensayos de PCR: dos usando un solo aditivo, dos combinando dos aditivos y uno combinando tres aditivos. Las amplificaciones con las mezclas se realizaron con las enzimas Taq Nativa, taq Recombinante y Taq Platinum. La calidad de los amplicones se probo por secuenciacion. Fragmentos sin islas CpG (HNF-1α) amplificaron con las tres enzimas, sin el uso de los aditivos pero presentaron problemas de pureza en la secuenciacion. Los fragmentos del gen IRS2 con islas CpG amplificaron solo con la combinacion de tres aditivos dimetilsulfoxido, albumina serica bovina y formamida, independientemente de la enzima usada, las secuencias fueron limpias. Se concluye que la mezcla de tres aditivos es una solucion que permite obtener amplicones de alta calidad en genes con islas CpG, con cromatogramas limpios en la secuenciacion