Apport des puces à ADN en cancérologie

Résumé Les puces à ADN en cancérologie sont des outils d’une nouvelle discipline de recherche, l’oncogénomique. Les puces dites « pangénomiques » détectent à l’échelle du génome entier les lésions de l’ADN (amplifications, délétions et autres mutations), permettent de préciser les interactions protéines-ADN dans les régions promotrices (puces ChIP-on-chip) et quantifient les niveaux d’ARN (puces d’expression, puces pour microRNA). L’analyse des données générées nécessite des moyens statistiques spécifiques aux grandes bases de données et est devenue une discipline à part entière de la bioinformatique. L’objectif de ces analyses est de mettre en évidence de nouvelles cibles thérapeutiques et de fournir un nombre limité de marqueurs biologiques pertinents pour la classification ou le pronostic des cancers. Ces marqueurs sont accessibles aux techniques de routine des laboratoires de biologie clinique (PCR, immundosages...) ou d’anatomie pathologie (immunohistochimie). Néanmoins la réduction des couts de production des puces rend possible aujourd’hui l’utilisation de puces dédiées dans les laboratoires d’analyses pour détecter des signatures moléculaires basées sur 50 à 100 gènes ou pour la détection rapide de mutations de suppresseurs de tumeurs comme p53.