生物信息学分析 microRNA 在前列腺癌中的调控通路

目的：运用生物信息学方法推测 microRNA（miRNA）在前列腺癌中的分子调控通路。方法：利用人类 miRNA 疾病数据库（HMDD）查询已证实与前列腺癌相关的 miRNAs 并汇总，挑选文献报道最多的几个miRNAs 作为研究对象。运用 miRwalk 在线软件分别查询各 miRNAs 的靶基因，并作交集分析筛选出各 miR-NAs 的共同靶基因。在前列腺基因数据库（PGDB）中查询已证实与前列腺癌密切联系的基因，并筛选出与前列腺癌相关的 miRNA 靶基因。进一步利用转录因子数据库（ChIPBase）分别推测各 miRNA 和靶基因的转录因子，并绘制 miRNA 在前列腺癌中的分子调控通路图。结果：经 HMDD 筛选出有10篇或以上文献支持与前列腺癌相关的 miRNAs 为 miR -21、miR -145、miR -221和 miR -222；miRwalk 软件证实得出这4个 miRNAs的共同靶基因共有15个，其中 CDKN1A、PTEN、ERBB2、MYC、TP53、ESR1和 BCL2等7个基因已证实参与前列腺癌的发生发展；ChIPBase 预测得 CDX2和 GR 为4个 miRNAs 的共同转录因子，而7个靶基因的共同转录因子有10个，其中 CDX2是 miRNAs 及其靶基因的共同转录因子。所有基因形成一个调控环路，参与前列腺癌的发生与发展。结论：运用生物信息学方法对前列腺癌相关的 miRNAs 分子调控网络进行预测，不仅能揭示各 miRNAs 的生物学功能，而且为阐明其与前列腺癌的发病机制提供了新的理论基础，也为后续的实验验证提供指导。