赣南柑橘产区衰退病毒外壳蛋白基因初步分析

[目的]对江西赣南柑橘果园感染衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)样品的外壳蛋白(CP)基因进行克隆及序列遗传信息分析,为利用弱毒株交叉保护法预防该地区CTV的蔓延奠定基础.[方法]运用RT-PCR扩增样品的CP基因并测序,应用软件检测CP序列基因重组,分析碱基含量,再将所测序列与10个外国CTV分离株计算核苷酸遗传距离,比对序列同源性及构建系统发育树.[结果]214份柑橘样品中有78份感染了CTV,发病率为36.4％.78个样品中仅有一个存在基因重组现象;78个CTV分离株CP基因全长序列均为672 bp,无碱基缺失、插入等现象,CP基因平均GC含量为52.8％,AT(U)为47.2％;所有样品核苷酸遗传距离在0～0.072,与10个已知CTV分离株CP基因核苷酸遗传距离在0～0.106.78个样品的CP基因核苷酸及其推导氨基酸序列同源性分别为89.1％～100.0％和92.3％～100.0％,与10株已知CTV分离株的同源性分别为76.5％～98.9％和73.6％～99.5％.系统进化分析结果表明,78个分离样品与10株已知CTV分离株可聚为四大类群,第Ⅰ类群包含49个分离样品和7个症状不同的已知CTV分离株(6个强毒型和1个弱毒型);第Ⅱ类群包含21个样品,国外强毒株系Qaha和引发茎陷点、速衰症状的Mexico-ctv株系聚于此类群;第Ⅲ类群仅由采自瑞金的CRJ14组成;第Ⅳ类群包括一个国外强毒株系HA16-5和采自江口、宁都的样品.[结论]赣南柑橘产区CTV分离株的CP基因保守性较高,序列存在一定程度的变异;各分离株间亲缘性较高但关系复杂,大部分样品与强毒型和茎陷点型分离株相关.