dystrophin基因第45～54外显子缺失连接片段的克隆和测序

目的通过对dystrophin基因第45～54外显子缺失后连接片段的克隆和测序分析,探讨dystrophin基因缺失的发生机理.方法先以外显子PCR反应检测证实1例杜氏肌营养不良症(Duchenne muscular dystrophy, DMD)患者第45～54外显子缺失,然后在第44和第54内含子上用PCR步移方法寻找断裂位点,最后用靠近断裂位点处设计的引物,以PCR法直接扩增dystrophin基因的缺失连接片段并测序,测序结果和正常内含子序列作对比分析.结果对扩增连接片段的PCR产物测序获得2716 bp有效序列,本例基因缺失片段长达402 kb.5'端断裂点位于第44内含子长散在元件(long interspersed elements, LINE)L1序列内,邻近基质附着区(matrix attachment region, MAR),3'端断裂位点在第54内含子较可能形成MAR的一个次级区域内,附近有拓扑异构酶Ⅱ识别位点,断裂点两旁存在6 bp的回文序列.连接片段通过4 bp的微小同源序列AGAG连接断裂点两端.结论由L1重复序列、断裂点附近拓扑异构酶Ⅱ酶切位点、MARs以及微小同源序列的非同源末端连接修复等综合因素引起的非同源基因重组可能是导致此一大片段基因缺失的重要原因.