宁夏枸杞根际土壤链霉菌Ⅱ-2-2-2的基因组测序和次级代谢产物分析

目的 分析链霉菌Ⅱ-2-2-2基因序列,挖掘潜在次级代谢能力生物合成基因簇.方法 采用Illumina HiSeq+PacBio测序技术获得链霉菌Ⅱ-2-2-2的基因组草图序列,经antiSMASH(v6.0.1)平台分析次级代谢产物合成基因簇,采用高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱技术对发酵液进行网络化分析.结果 自宁夏枸杞须根附近的土壤中分离得到一株菌株Ⅱ-2-2-2,经鉴定其与缺乏研究的Streptomyces acrimycini CSSP43016S rRNA基因序列的相似度达99.64％.其基因组草图序列4409970 bp,G+C含量占66.43％,3974个蛋白质编码基因,10个rRNA操纵子和72个tRNA.AntiSMASH分析基因序列至少包含5条次级代谢产物合成基因簇,可能编码线性含唑肽类、核糖体合成和翻译后修饰的肽、非核糖体肽、聚酮类和萜类化合物.获得82个正负模式的离子,并将二级碎片离子在全球天然产物交互分子网络平台进行聚类分析和数据库搜索,发现了24个化学结构.结论 链霉菌Ⅱ-2-2-2具有丰富的次级代谢能力并可能成为研究和开发新抗生素的重要资源.