不同基因型丙型肝炎病毒Core蛋白HLA-DRB1*0311、0401表位预测

目的 预测各型丙型肝炎病毒(HCV)Core区的人类白细胞抗原(HLA)-DRBI*0311及0401抗原表位.方法 从NCBI数据库中检索出十条包含六种分型的HCV完整氨基酸序列,使用生物信息学工具剪切Core区氨基酸序列并对其二级结构、可塑性、亲水性和抗原性指数进行预测,选择可能区域预测HLA-DRBI*0311及0401的抗原表位.结果 HCVCore区二级结构、可塑性、亲水性和抗原性指数预测分析可认为16～28、60～74、98～120区域或为抗原表位区域.HLA-DRB1*0311预测中,HCV-1a/b、4a、6a预测评分高的区域为28～36,HCV-2a/b为63～71,HCV-3a为29～37,HCV-5a为94～102.HLA-DRB1*0401中,HCV-1a、2b、4a、6a预测评分高区域为84～92,HCV～5a为120～128,HCV-1b中120～128可以预测到表位但评分低.结论 HCV Core区HLA-Ⅱ类分子抗原表位具有型间差异.