鼠疫耶尔森菌基因组核糖体结合部位识别

目的通过统计分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)CO92株中核糖体结合位点(RBS)与翻译起始位点的距离,探索最适合翻译起始的RBS与起始位点的距离。方法通过对鼠疫菌所有拷贝的16SrRNA3′端,及已经通过实验确定的177处RBS进行分析,确定鼠疫菌RBS的序列特征。统计鼠疫菌CO92株中存在的所有RBS序列的位置和数量,及RBS序列与翻译起始序列ATG(GTG,TTG,CTG)的距离。观察已经公布的CO92株的编码序列(CDS)片段前20个碱基序列的特征。结果在CO92的全基因组序列中搜索,共发现可能的RBS结构5081个,2909个后面一段距离内存在开放读码框架,其中1541与标注的CDS相符,535与标注的CDS终止位点相同,但起始位点不同。CO92序列中的3887CDS前面20个碱基中,57.7%含有RBS序列。结论 RBS序列与起始位点间隔7个碱基和8个碱基出现的次数最多;RBS可能作为基因识别的重要指征。