HLA-B~*2736等位基因的序列分析

使用FLOW-SSO、PCR-SSP以及测序等分型技术,发现一个与HLA-B*270401基因相关的未知基因。设计基因特异性引物单独扩增B*27基因的外显子2-5,包括内含子2-4,并进行双向测序,分析与B*270401基因序列的差异。该基因的扩增产物为1815bp。与B*270401相比在外显子3和4共有10个碱基的改变,从而使相应氨基酸发生错义或同义突变。碱基634A→C(密码子130丝氨酸→精氨酸);670A→T(密码子142苏氨酸→丝氨酸);683G→T(密码子146色氨酸→亮氨酸);698A→T(密码子151谷氨酸→缬氨酸);774G→C(密码子176谷氨酸→天冬氨酸);776C→A(密码子177苏氨酸→赖氨酸);781C→G(密码子179谷氨酰胺→谷氨酸);789G→T(密码子181丙氨酸同义突变);1438C→T(密码子206甘氨酸同义突变);1449G→C(密码子210甘氨酸→丙氨酸)。在IMGT/HLA数据库中B*27组只有3个基因(B*270502/2706/2732)提交了内含子序列。该未知基因的内含子2序列与B*2706相同,显示了与B*27组基因的同源性,但其同源性在内含子3、4均未得到支持,与B*27组基因相比,内含子3的第106个碱基C→G,碱基168缺失,碱基179G→A,碱基536G→A;内含子4中碱基82T→C。但其内含子3、4序列却与B*070201完全相同。该基因序列已提交GenBank,编号为被DQ915176,被WHO确认为HLA-B*2736等位基因。