一种HIV-1耐药基因型检测方法的一致性分析

目的评价一种实验室自建(in-house)HIV-1耐药基因型检测方法的可重复性。方法从2008-2010年已进行HIV-1耐药基因型检测(in-house法)的样品中抽取204份再次进行基因型检测,包括核酸的提取、扩增、测序和序列分析,对两次的耐药结果进行比较。结果 204份样品中,对群体耐药发生的判断上一致性很高,可达98.5%(201/204),在每种抗病毒药物是否发生耐药的判断上[92.2%(188/204)]具有一致性,对每种抗病毒药物的耐药程度判断一致性为81.9%(167/204),84份样品中共有159个位点在两次检测中出现耐药突变位点上不一致的情况,其中不完全一致的位点有149个,蛋白酶区第71位(13/204,6.4%)和逆转录酶区第103位分别出现最多(12/204,5.9%),完全不一致的位点有10个,出现在蛋白酶区第71位,核苷类逆转录酶抑制剂(NRTI)耐药相关突变位点第67、69、70、215、219位,以及与非核苷类逆转录酶抑制剂(NNR-TI)耐药相关突变位点第90、181、221位。结论 in-house方法双重检测对耐药发生及耐药程度的判断上总体具有良好的一致性。但在方法学尤其是混合碱基的判读上需进一步标化以达到更好的可重复性。由于混合碱基的判读会影响耐药突变位点的确定,加强对检测人员的培训,使他们更加严格地执行混合碱基的判断标准和控制序列的质量是非常重要的。