MrBayes(MC)~3GPU算法的优化

Journal of Wuhan University(Natural Science Edition)（2012）

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摘要

为了进一步提高CPU-GPU协同贝叶斯种系发生算法n(MC)3的并发度,本文在n(MC)3算法基础上提出了优化算法,修改算法并行策略,重组计算次序,削弱相邻计算节点之间的依赖关系,增强GPU空闲单元的利用,实现了更高的加速比,显著提高了算法性能.

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关键词

stream,CUDA,Bayes,phylogenetics,parallization

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