基于动态规划的序列比对的并行算法研究

针对序列比对算法进行了深入地研究,分析比较了两序列和多序列、局部和全局、渐进和迭代的序列比对算法。利用动态规划序列比对算法内在的并行性,提出了自适应的动态规划序列比对的并行策略。该策略在计算初期和计算末期采用较小的高度和宽度值使得大部分处理器参与计算,在计算中期采用较大的高度和宽度值降低处理器间的通信开销;运用上述自适应的动态规划序列比对的并行策略,提出了一种基于动态规划的序列比对的并行算法,将读入的比对序列负载均衡地分布至不同的计算结点。基于集群系统和MPI环境的实验数据及分析表明,该算法在给定进程数量的条件下,其执行时间随序列长度的增长而急剧上升;在给定序列长度的条件下,其执行时间随并行进程数量的增大而大幅减小;充分反映出该算法较好地发挥了序列比对问题的内在并行性,有效地降低了序列比对算法的时间复杂度。