Identification d’espèce et épidémiologie moléculaire des bactéries du genre Ochrobactrum

Le genre Ochrobactrum comporte deux espèces d’intérêt médical, Ochrobactrum anthropi et Ochrobactrum intermedium. Ce sont des bactéries de l’environnement de plus en plus fréquemment isolées en clinique humaine en particulier chez des patients immunodéprimés et lors d’infections nosocomiales. Les critères phénotypiques d’identification d’espèce sont mal définis, ce qui conduit à une mauvaise évaluation du rôle de chaque espèce en clinique. Par séquençage de l’ADN ribosomal 16S, nous avons identifié au niveau de l’espèce 20 isolats cliniques d’Ochrobactrum sp. Nous avons alors étudié les caractères phénotypiques de chaque isolat, en particulier la morphologie, la culture sur divers milieux et dans diverses conditions de température, les caractères biochimiques et le profil de résistance aux antibiotiques. L’aspect des colonies sur milieux Trypticase-Soja et McConkey, la culture à 45 °C sur milieu Trypticase-Soja, la présence d’une uréase, la résistance à la nétilmicine, la tobramycine et la colistine permettent de différencier les espèces. Le ribotypage par les endonucléases HindIII et EcoRI donne un critère de plus pour l’affiliation à une espèce mais ne permet pas un suivi épidémiologique. Par contre, l’électrophorèse en champ pulsé met en évidence un fort polymorphisme entre souches de la même espèce et détecte les souches clonales. Cette technique est donc un outil performant pour des études d’épidémiologie moléculaire sur les bactéries du genre Ochrobactrum.