罂粟BBE基因的生物信息学分析

为了对罂粟BBE基因核酸及编码的蛋白质的性质进行预测分析,并构建罂粟BBE基因的三维结构模型。运用生物信息学方法对罂粟BBE基因的理化性质、亲/疏水性、信号肽、亚细胞定位、二级结构等进行预测,同时采用同源建模的方法对罂粟BBE基因的三维结构进行模拟,并将得到的模型用能量最小化原则优化,最后用Ramachandran Plot对模型进行评估。结果表明:罂粟BBE基因全长为5073 bp,编码一段长为535个氨基酸的蛋白质。BBE为富含Gly、Ser和Leu的酸性稳定类亲水蛋白,定位于液泡中,N-末端含有23个氨基酸的信号肽,α螺旋和无规则卷曲是罂粟BBE的主要二级结构元件。通过同源建模获得了合理的罂粟BBE三维结构模型。本研究为采用生物工程技术提高小檗碱的含量、开发小檗碱类抗菌药物奠定理论基础。