影响禽流感病毒(H3N2/H4N6)感染机制的生物信息学分析

目的通过生物信息学分析禽流感病毒WDK/ST/27/03(H3N2)和Dk/ST/472/03(H4N6)HA、NA氨基酸序列,进一步探讨影响禽流感病毒感染血液肿瘤细胞株K-562和HL-60的机制。方法 RT-PCR扩增WDK/ST/27/03(H3N2)和Dk/ST/472/03(H4N6)HA、NA基因,经1%琼脂糖凝胶电泳鉴定,对纯化的PCR产物进行测序。在GenBank中选取登录的H3N2和H4N6序列,利用在线生物信息工具ClustalW2(http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/)对这些序列和WDK/ST/27/03(H3N2)和Dk/ST/472/03(H4N6)HA、NA氨基酸序列进行比对分析。结果 RT-PCR扩增产物的大小与预期相符。生物信息学分析显示,WDK/ST/27/03(H3N2)HA的裂解位点是QNR*GLFG,Dk/ST/472/03(H4N6)HA的裂解位点是KAAR*GLFG,此位置的氨基酸无变化。HA的226位氨基酸为Gln(Q),228位氨基酸为Gly(G),具有禽流感病毒HA受体结合位点的特征,影响受体结合的位点98Y、136S、152W、183H、190E、194L、222W、225G、227S未见变异。NA活性位点及影响酶活的位点均无变异,但WDK/ST/27/03(H3N2)NA在接近N-末端的茎部61~79位缺失19个氨基酸,致使NA茎部变短,且丢失2个潜在的糖基化位点。结论 WDK/ST/27/03(H3N2)的NA茎部缺失突变可能是造成其吸附、繁殖和复制能力低于Dk/ST/472/03(H4N6)的一个因素。