广西分离乙脑病毒全基因组序列特征研究

目的分析近年来在广西分离的流行性乙型脑炎病毒的全基因组序列特征。方法使用乙脑病毒的全基因组序列测定引物进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增,产物直接测序,拼接后获得全基因组序列。再利用DNASTAR 5.0、ClustalX 1.8等生物信息学软件进行核苷酸序列与乙脑病毒系统进化分析。结果在广西分离到的乙脑病毒基因组全长均为10 965个核苷酸,从97～10 932位核苷酸编码3 432个氨基酸。广西毒株之间的核苷酸同源性为98.2%～99.0%,氨基酸同源性为99.3%～99.8%,与GenBank中收录的其他乙脑病毒的全基因组序列比较发现,核苷酸同源性为83.7%～99.1%,氨基酸同源性为94.6%～99.7%;与目前使用的减毒活疫苗株SA14-14-2比较,核苷酸同源性为88.6%～88.9%,氨基酸同源性为97.2%～97.6%。在E蛋白有18个氨基酸位点的差异,但都位于抗原关键位点之外。通过E区段、3'NTR区段、PrM/C区段与全基因组序列进行系统进化分析均显示广西毒株均属于基因Ⅰ型乙脑病毒。结论近年来在广西分离的乙脑病毒均属于基因Ⅰ型,与越南、四川、广东以往分离毒株的遗传进化关系较近,决定病毒毒力关键的氨基酸位点未见明显变化。