利用大白猪×民猪F2资源群体开展瘦肉量全基因组关联研究

高密度单核苷酸多态性(SNP)芯片的出现和基因分型技术平台的发展使在猪上开展全基因组关联分析(GWAS)研究成为现实.本研究以大白猪(Sus scrofa)×民猪(S.scrofa)F2设计资源群体为研究对象,采用Illumina公司猪SNP60K分型芯片技术,开展胴体瘦肉量(LMW)GWAS研究,寻找与瘦肉量相关的遗传变异.所有F2代个体在达到(240±7)d日龄时进行屠宰测定.对分型后的355头F2个体,采用基于混合模型及回归的快速全基因组关联及基因组控制法(GRAMMAR-GC)方法进行GWAS分析,结果获得14个在染色体水平与瘦肉量性状显著关联的SNP位点(P＜9.63e-06,SSC1；P＜2.37e-05,SSC2; P＜1.56e-05,SSC14).其中2个SNP位点ALGA0010777和ALGA0010788分别位于1号染色体上285 030 256和285 276 856 bp处；10个SNP位点都位于猪2号染色体末端,可能与已发现的瘦肉量基因突变位点IGF2-intron3-G3072A紧密连锁；2个SNP位点ASGA0065444和ASGA0065455位于14号染色体上99 627 980和100 078 535 bp处.本研究为猪的瘦肉量性状提供了显著关联SNP位点,预测了新的候选基因.初步阐释了中外猪种瘦肉量性状巨大差异的分子机制,为进一步开展分子育种工作提供了基础研究资料.