丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发

丹参为唇形科鼠尾草属多年生落叶开花植物,以根与根茎部位入药,广泛用于多种疾病的治疗。本研究采用生物信息学方法,从丹参基因组框架图序列中发掘出4 832个长度超过40 bp的基因组SSR位点。结果表明,二核苷酸重复基元和三核苷酸重复基元是构成丹参基因组SSR位点的主要类型,分别占全部SSR位点总数的37.3%和61.3%。此外,富含A/T碱基的SSR位点,包括AT/TA、AAT/ATT、ATA/TAT、TAA/TTA,分别占全部SSR位点总数的30.5%,21.6%,17.1%,20.4%,在数量上明显高于其他类型。以基因组SSR位点为基础,共设计基因组SSR引物序列1 079对。这些引物可用于基因组多样性分析、遗传图谱构建、分子标记筛选等工作,为后期丹参群体遗传学与基因组学研究奠定基础。