犬细小病毒主要蛋白基因同义密码子偏爱性分析

犬细小病毒是一种对犬科动物危害严重的DNA病毒,为了解其主要蛋白的密码子使用特点,本文运用EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)的CHIPS和CUSP程序、CodonW在线软件对CPV全基因组及3种主要蛋白基因的有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3)进行分析。结果显示:CPV基因组、NS1、VP1、VP2基因的Nc值分别为36.46、37.86、35.05和32.87,表明CPV对同义密码子的使用具有明显的偏爱性;对第3位核苷酸为A和T的密码子表现出明显的偏爱性;GC含量普遍偏低(均小于40%)。进一步分析发现CPV的3种主要蛋白基因与大肠杆菌、人密码子偏爱性差异较大,与酵母密码子偏爱性差异较小,提示表达系统选择酵母较为合适。