SARS冠状病毒基因溯源分子生物信息学分析

目的:对广东省两次流行的SARS冠状病毒(SARS-CoV)进行分子水平的溯源分析,为进一步研究SARS冠状病毒提供分子生物信息学资料。方法:对GenBank登录的SARS冠状病毒和SARS样冠状病毒(SARS-like CoV)核酸序列进行了分析,以Breda病毒为外组,构建了SARS冠状病毒和SARS样冠状病毒系统进化树,并进行单核苷酸变异分析。结果:发现两次SARS自然流行的病毒可分为两个明显不同的聚类;第二次流行时从人类中分离的SARS冠状病毒和从果子狸等动物中分离的SARS样冠状病毒可分为两个基因型,两型的主要鉴别依据是病毒的全基因组变异而非Spike基因序列。结论:前后两次SARS自然流行病毒可能以不同的特性感染人类而不是简单的重复。结合流行病学资料,对第二次流行时的SARS冠状病毒进行分子水平溯源分析的结果表明,分离自前2例指标患者的病毒基因序列与来自果子狸等动物的SARS样冠状病毒的基因序列存在较大的差异。提示第二次流行的SARS冠状病毒由果子狸等动物传染人的论据不足。