口蹄疫病毒G-01株基因组编码区的序列分析

SUO Qing-li,ZHAO Ming-qiu,CHEN Jin-ding,CHEN Li-jun,HUANG Zhong-qiang

Journal of South China Agricultural University（2007）

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摘要

参考GenBank中注册的O型口蹄疫病毒(FMDV)全基因序列,分段设计了9对引物,应用RT-PCR方法对G-01株的基因组编码区序列进行了克隆和序列测定,获得了该毒株基因组编码区的核苷酸序列(6966 bp)并推导出其编码的氨基酸序列(2322 aa).将获得的G-01株基因组编码区的核苷酸序列与参考的14株FMDV基因序列进行比较,结果表明,本毒株的3A蛋白的92~101位缺失10 aa,VP1基因的133~160位的关键位点没有变化,该毒株与以HKN/2002株为代表的7株O型毒株的同源性较高,与HKN/2002株遗传关系最近,而与另外7株O型毒株同源性较低,其遗传关系也较远.由此推断G-01与HKN/2002株属于遗传关系较近的毒株,这2株病毒有着相同的进化起源.

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关键词

foot-and-mouth disease virus(FMDV),sequence analysis,genetic coding region

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