Gromacs在神威蓝光超级计算机上的部署及应用

Gromacs是一个大型的分子动力学模拟软件。国家超算济南中心拥有两套高性能计算系统,分别为基于Intel CPU构建的高性能计算集群(理论峰值超过100T),以及基于国产SW1600 CPU构建的MPP超级计算系统(理论峰值超过1P)。本文介绍了Gromacs软件包在两个高性能计算平台的移植、部署,并以生物大分子作为实例在两个平台上进行了分子动力学模拟测试。