基本信息
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职业迁徙
个人简介
先后获得基金委优秀青年基金(2017)、北京市杰出青年科学基金(2018)、国家杰出青年科学基金(2020)和中国科学院特聘研究员(2022)等资助。研究方向为海洋微藻的进化基因组学,在此期间获"中国科学院院长特别奖"和"国家海洋科学技术奖一等奖"。在Briefings in Bioinformatics、Genomics、Proteomics & Bioinformatics、BMC Evolutionary and Ecology、Medicine in Microecolgy和Journal of Genetics and Genomics等国际学术刊物担任副主编或编委。近年来,先后主持国家自然科学基金9项(青年、面上、重点、培育、优青、杰青等)和国家重点研发计划课题2项、国防科技创新特区项目、中国科学院"科技创新交叉与合作团队"项目和中科院院长特别奖基金等。主要致力于建立高效的算法模型和实验技术,探索人体微生物与非编码RNA的结构组成与变化规律,以期解析它们与人类健康和疾病的关系。先后4次获"中国科学院优秀导师奖"(2017,2018,2019、2021)、"中国科学院大学领雁奖章"(2020)、"中国科学院朱李月华优秀教师奖"(2020)和"中国科学院大学必和必拓导师奖"(2021);承担的《生物信息学》先后入选"国家精品在线开放课程"(2018)和"国家级一流本科课程"(2020);培养的研究生已有6人次获得"中国科学院院长奖"(包括特别奖和优秀奖)和"中科院优秀博士学位论文"。
研究领域:
1.基因组变异与精准医学
遗传变异不仅是人类表型变化的基础,也是疾病易感性的基础。近以基因组测序为核心技术的精准医学研究成为大家关注的热点,基因突变信息的识别是精准医学的核心关键技术。然而,目前对海量基因组数据中遗传变异,尤其是结构变异的挖掘算法远未成熟。我们重点关注基因组结构变异挖掘中的关键性问题(如结构变异中断点的精准定位、重复序列区域附近的结构变异识别等),提出新的计算方法,建立较为完善的统计学模型及质量评估标准,以便快速、准确的从海量数据中挖掘出基因组结构变异。随着高通量测序技术的进步以及越来越多的个人基因组数据的出现,深度挖掘和分析其中的遗传变异,将对我们深入理解复杂性状疾病的分子机制、鉴定易感基因和认识遗传变异和疾病表型的关系具有重要意义。
2.环形非编码RNA组学
近年来,环形RNA(circular RNAs)成为非编码RNA领域一个新的研究热点。与现有的线性非编码RNA分子不同,环形R是一类由RNA通过3',5'-磷酸二酯键将两端相连而形成的RNA环状分子。然而由于计算方法及研究手段的限制,目前只发现少部分环形RNA并且绝大多数无法了解其功能。尤其是目前对更多环形RNA功能的探知和验证仍需要更多新颖的理论假说和大量的实验验证。但在此之前,能否从海量的RNA测序数据中高效识别环形RNA及其不同形式的转录本,成为后续功能验证及表达调控机制研究的重要前提。针对环形RNA的计算方法学问题,我们建立了环形RNA识别和质控、转录本组装、可变剪接识别及定量等一系列方法和工具。这些研究丰富了我们对环形RNA的组成及结构的认识,为深入解析这一崭新类型的非编码RNA分子提供了重要工具。
3.微生物组与人体健康
微生物广泛存在于各种生态环境中,与我们的生产、生活及自身健康密切相关。基于高通量测序的宏基因组学技术,已成为研究微生物群落组成、结构及功能最主要的技术手段。然而受高通量测序技术的限制,宏基因组研究中所利用的实验技术和计算方法遇到了很多困难。我们针对宏基因组研究的关键问题,重点开发基于单细胞测序技术的宏基因组拼接、序列归类和注释等方面的算法和工具。利用功能基因组学和代谢组学技术,研究人体口腔和肠道微生物组,揭示不同病理条件下微生物群落结构的组成、代谢功能及其变化规律。整合基因组学、计算生物学和系统生物学的研究手段,了解人类健康、生物被膜形成机制以及宿主与致病菌的相互作用等科学问题。
研究兴趣
论文共 196 篇作者统计合作学者相似作者
按年份排序按引用量排序主题筛选期刊级别筛选合作者筛选合作机构筛选
时间
引用量
主题
期刊级别
合作者
合作机构
NATURE METHODSno. 2 (2024): 166-167
ADVANCED SCIENCEno. 14 (2024): n/a-n/a
Science bulletinno. 9 (2024): 1275-1285
Yuanyuan Zhao,Bing Zhang,Yiming Ma,Mengmeng Guo,Fuqiang Zhao,Jianan Chen,Bingzhi Wang, Hua Jin, Fulai Zhou,Jiawei Guan,Qian Zhao,Qian Liu,
The Journal of experimental medicineno. 5 (2024)
NUCLEIC ACIDS RESEARCHno. D1 (2024): D738-D746
BMC Biologyno. 1 (2024): 1-11
Chen Chen,Zhuye Jie, Weiting Liang, Qiuxia Ding,Xin Tong, Yunhong Zhang,Na Chen,Shenghui Li,Xiaomin Liu, Hongqin Gao, Xincheng Huang, Zhe Zhang,
crossref(2024)
NUCLEIC ACIDS RESEARCHno. D1 (2024): D52-D60
Nature Methodsno. 2 (2024): 259-266
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