主要从事新发突发病毒性传染病的基础和应用研究，结合国家战略需求及疾病控制职能，建立了基于基因组学序列分析的病毒性传染病的预警预测和基因溯源新技术，建立了基于基因组流行病学分析技术平台，提升了我国传染病防控能力。研究成果获省部级科学技术奖奖项9项，发表论文340余篇，其中SCI论文140余篇。

结合国家战略需求及疾病控制职能，主要从事脊髓灰质炎和手足口病等肠道病毒传染病的基础和应用基础研究，为国家维持“无脊灰状态”以及手足口病等肠道病毒病防控等提供科学依据。包括人肠道病毒核苷酸变异和重组与其致病力的关系研究，病原学和比较基因组学研究，分子流行病学及病毒分子进化研究，和新诊断技术的研究等。