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TFcomb Identifies Transcription Factor Combinations for Cellular Reprogramming Based on Single-Cell Multiomics Data
Chen Li, Sijie Chen, Yixin Chen, Haiyang Bian, Minsheng Hao,Lei Wei,Xuegong Zhang
Genome researchno. 6 (2025): 1429-1439
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Uhaf: a Unified Hierarchical Annotation Framework for Cell Type Standardization and Harmonization
Haiyang Bian, Yinxin Chen,Lei Wei,Xuegong Zhang
Bioinformatics (Oxford, England)no. 4 (2025)
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DrVD-Bench: Do Vision-Language Models Reason Like Human Doctors in Medical Image Diagnosis
Tianhong Zhou, Yin Xu, Yingtao Zhu, Chuxi Xiao, Haiyang Bian,Lei Wei,Xuegong Zhang
arxiv（2025）
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A Mechanism-Informed Deep Neural Network Enables Prioritization of Regulators That Drive Cell State Transitions
Xi, Jiaqi Li, Jinmeng Jia,Qiuchen Meng, Chen Li,Xiaowo Wang, Lei Wei,Xuegong Zhang
Nature Communicationsno. 1 (2025): 1-18
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Benchmarking AI Scientists in Omics Data-Driven Biological Research
Erpai Luo, Jinmeng Jia, Yifan Xiong,Xiangyu Li, Xiaobo Guo, Baoqi Yu,Lei Wei,Xuegong Zhang
arxiv（2025）
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Biomedical Data and AI
Hao Xu, Shibo Zhou, Zefeng Zhu,Vincenzo Vitelli,Liangyi Chen,Ziwei Dai, Ning Yang,Luhua Lai, Shengyong Yang,Sergey Ovchinnikov, Zhuoran Qiao, Sirui Liu, Chen Song,Jianfeng Pei, Han Wen,Jianfeng Feng, Yaoyao Zhang,Zhengwei Xie,Yang-Yu Liu, Zhiyuan Li, Fulai Jin,Hao Li, Mohammad Lotfollahi,Xuegong Zhang,Ge Yang,Shihua Zhang,Ge Gao, Pulin Li,Qi Liu, Jing-Dong Jackie Han
Science China Life Sciencesno. 5 (2025): 1536-1540
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