董小平研究员曾先后担任中国微生物学会理事、中国微生物学会病毒学委员会医学病毒组组长、中华预防医学会理事、中国全球病毒网络（GVN）副主席、传染病标委会副主任委员、医促会分子诊断分会副主任委员和10多个国家及部委的专业委员会常务委员、委员。担任10余个英文和中文杂志的主编、副主编及编委。曾获得新世纪百千万人才工程国家级人选、中国留学回国个人成就奖、全国总工会五一劳动奖、卫生部有突出贡献中青年专家、吴阶平-杨森医学药学奖，享受国务院政府特殊津贴。7次获得省部级科技进步奖。作为课题负责人先后承担过国家863项目、973项目、国家自然科学基金重点及面上项目、科技部中国-欧盟科技合作项目、国家科技攻关项目、国家传染病重大专项、国家重点研发计划等，以及美国NIH、欧盟第5、第6框架、日本厚生省等30余项国内和国际科研项目。

　　董小平研究员多年来一直致力于朊病毒病的流行病学和发病机理的研究，新发突发传染病的应急处置、流行病学研究及检测技术的开发，全球卫生治理合作。新冠疫情暴发以来，出任国家联防联控专家组专家，国家疫苗研发专班专家，多次奔赴现场参与疫情处置。截至2023年12月，在英文同行评议英文杂志上发表SCI收录文章273篇（其中第一和通讯作者篇251篇），包括Lancet, Autophagy, Nat Commun, EMBO J, J Neurol Neurosurg Ps, Clin Infect Dis等。