福建省淡水水产研究所（Freshwater Fisheries Research Institute of Fujian）成立于1984年10月，历史可追朔于1962年在福州成立的省水产研究所淡水分所。

截至2010年，研究所下设养殖育种研究室、水生生物疫病防控研究室、鱼类营养研究室、渔业资源与环境研究室，建有福建省淡水水产研究所榕桥中试基地、福建省淡水养殖良种繁育场、福建省淡水渔业资源与生态环境监测站、农业部渔业污染事故调查丙级资质、福建省淡水鱼鱼病防治服务中心

截至2010年，研究所先后承担国家科技部、农业部、省科技厅、省厅、省发改委、省农办等有关部门下达的科技攻关项目100多项，先后获得国家科技进步二等奖1项，三等奖1项，省部级科技奖二等奖7项，三等奖13项。还获得全国星火科技奖、省农业科技工作先进单位等10多项表彰和奖励。