基本信息
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个人简介
研究领域
我们实验室主要研究的生物学问题是果实发育成熟和叶片光合作用。研究方法是用多组学大数据从全基因组的角度研究转录调控的机制。
近期我们发现DNA甲基化是除了转录因子和乙烯之外控制番茄成熟的重要因子。通过比较基因组学对比11种果实的基因表达,染色质开合,核小体修饰,DNA甲基化图谱,我们发现开花植物用了三种方式进化出呼吸跃变果实,其关键基因都受到保守的H3K27me3控制,并且可以追溯到 拟南芥水稻等干果里面。这说明在进化过程中,番茄香蕉等水果不仅继承并改进了其祖先被子植物的基因,还沿用了它们的 表观遗传标记来控制成熟。
我们通过大规模转录因子ChIP-seq来比较不同植物叶片的基因调控网路。高粱,玉米,谷子,甘蔗等植物进化出一套高效的碳4光合通路。和果实成熟类似,C4光合也是趋同进化的产物。所以我们通过功能基因组学和生物信息学等多层面研究C4基因的调控机制,并利用比较基因组学研究C4进化的途径。通过大规模转录因子ChIP-Seq和ATAC-Seq,我们成功重构了玉米叶片转录调控的网路,发现其具有scale-free特性,节点关联符合power law分布。
任The Crop Journal副主编、Scientific Reports Journal编委。相关研究成果在Nature,Nature Biotechnology,Nature Plant,The Plant Cell, Molecular Plant等国际一流杂志上发表。
我们实验室主要研究的生物学问题是果实发育成熟和叶片光合作用。研究方法是用多组学大数据从全基因组的角度研究转录调控的机制。
近期我们发现DNA甲基化是除了转录因子和乙烯之外控制番茄成熟的重要因子。通过比较基因组学对比11种果实的基因表达,染色质开合,核小体修饰,DNA甲基化图谱,我们发现开花植物用了三种方式进化出呼吸跃变果实,其关键基因都受到保守的H3K27me3控制,并且可以追溯到 拟南芥水稻等干果里面。这说明在进化过程中,番茄香蕉等水果不仅继承并改进了其祖先被子植物的基因,还沿用了它们的 表观遗传标记来控制成熟。
我们通过大规模转录因子ChIP-seq来比较不同植物叶片的基因调控网路。高粱,玉米,谷子,甘蔗等植物进化出一套高效的碳4光合通路。和果实成熟类似,C4光合也是趋同进化的产物。所以我们通过功能基因组学和生物信息学等多层面研究C4基因的调控机制,并利用比较基因组学研究C4进化的途径。通过大规模转录因子ChIP-Seq和ATAC-Seq,我们成功重构了玉米叶片转录调控的网路,发现其具有scale-free特性,节点关联符合power law分布。
任The Crop Journal副主编、Scientific Reports Journal编委。相关研究成果在Nature,Nature Biotechnology,Nature Plant,The Plant Cell, Molecular Plant等国际一流杂志上发表。
研究兴趣
论文共 103 篇作者统计合作学者相似作者
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时间
引用量
主题
期刊级别
合作者
合作机构
bioRxiv : the preprint server for biology (2024)
Nataliya E. Yelina,Eftychios Frangedakis, Zhemin Wang,Tina B. Schreier,Jenna Rever,Marta Tomaselli, Edith Forestier,Kumari Billakurthi,Sibo Ren, Yahui Bai, Julia Stewart-Wood,Jim Haseloff,
bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) (2024)
Haidong Yan, John P Mendieta,Xuan Zhang,Alexandre P Marand,Yan Liang, Ziliang Luo,Mark A A Minow,Thomas Roulé,Doris Wagner,Xiaoyu Tu,Yonghong Wang,Silin Zhong,
bioRxiv : the preprint server for biology (2024)
Buddhini Ranawaka,Jiyuan An,Michał T. Lorenc,Hyungtaek Jung,Maria Sulli,Giuseppe Aprea,Sally Roden,Victor Llaca,Satomi Hayashi, Leila Asadyar,Zacharie LeBlanc, Zuba Ahmed,
Nature Plantsno. 1 (2024): 1-1
Buddhini Ranawaka,Jiyuan An,Michal T. Lorenc,Hyungtaek Jung,Maria Sulli,Giuseppe Aprea,Sally Roden,Victor Llaca,Satomi Hayashi, Leila Asadyar,Zacharie Leblanc, Zuba Ahmed,
NATURE PLANTS (2024)
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Buddhini Ranawaka,Jiyuan An,Michał T. Lorenc,Hyungtaek Jung,Maria Sulli,Giuseppe Aprea,Sally Roden,Victor Llaca,Satomi Hayashi, Leila Asadyar,Zacharie LeBlanc, Zuba Ahmed,
Nature plantsno. 9 (2023): 1558-1571
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