Ses principaux centres d'intérêt de recherche portent sur les mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans les tumeur neuroendocrine et les mécanismes de différenciation neuroendocrine dans les carcinomes.

Le Pr Jean-Yves Scoazec est en charge de la direction des dix plateformes de recherche de Gustave Roussy qui incluent : évaluation préclinique, modèles transgéniques, ressources biologiques, pathologie expérimentale, génomique, imagerie et cytométrie, métabolomique, bioinformatique, cellules circulantes rares, immuno-monitoring et hématologie.

Ancien membre du conseil scientifique de la European Neuroendocrine Tumor Society (ENETS), chair de l'Endocrine Working Group de la European Society of Pathology (ESP), il a été président de la Société Française de Pathologie et préside actuellement le Conseil national professionnel des Pathologistes français.