Ses travaux portent sur la résistance aux antimicrobiens chez le parasite Leishmania et sur différentes bactéries, notamment le pneumocoque. Le parasite Leishmania fait partie des maladies tropicales négligées, avec plus de 12 millions de personnes atteintes. La résistance aux antibiotiques chez les bactéries est un problème de santé publique majeur avec une attention politique sans précédent. L’équipe du Dr Ouellette utilise plusieurs criblages génomiques couplés au séquençage de nouvelle génération pour trouver des biomarqueurs de la résistance, autant chez les parasites que chez les bactéries. Les approches omiques sont également mises à profit pour identifier de nouvelles cibles thérapeutiques contre de nouvelles molécules, ou encore pour mieux définir les voies cellulaires amenant à la mort ou à la survie des microorganismes. Ces voies peuvent être exploitées pour le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.