基本信息
浏览量:22
![](https://originalfileserver.aminer.cn/sys/aminer/icon/show-trajectory.png)
个人简介
近些年主要从事植物及微生物基因组学及生物信息学研究,包括作物及微生物基因组组装注释、转录组分析、代谢及蛋白互作网络构建等,在以下几个方面取得了重要学术成绩:
(1)开发了多个植物生物信息工具及数据库,包括植物单链导向RNA设计工具CRISPR-P,植物自然反义转录本NAT数据库等。CRISPR-P是目前国内外最通用的植物的CRISPR/Cas9系统单链导向RNA设计工具,年访问量超过20万次(Mol. Plant, 2014,唯一通讯作者;Mol. Plant, 2017,共同通讯作者);PlantNATsDB是最全面的植物自然反义转录本数据库,整合了高通量sRNAs测序数据和GO功能注释来探索NATs的潜在生物学功能并提供相应分析工具(Nucleic Acids Res., 2012, 共同通讯作者)。
(2)作为生物信息负责人参与多种作物基因组解析,包括甜橙、籼稻明恢63及珍汕97,栽培玉米Mo17及玉米祖先近亲品种大刍草等,负责基因组的组装注释、重测序数据分析及生物信息平台构建工作。分析发现甜橙基因组中约有一半基因处于杂合状态,并有显著的橘和柚遗传特征,阐明了甜橙起源这一重要问题(Nat. Genetics, 2013, 共同第一作者;Plant J., 2013, 共同通讯作者);水稻基因组研究为全球提供了两份高质量的籼稻参考基因组(Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2016, 共同第一作者),为进一步阐明杂种优势的生物学机理,提高杂种优势利用奠定了坚实基础。利用合作者构建的玉米Mo17与大刍草类蜀黍的回交重组自交系群体,通过遗传设计将复杂的玉米和类蜀黍的基因组分成多个区段,从而组装了两亲本基因组(Nat. Commun., 2017,共同通讯作者)。
(3)构建了多种作物及病原菌的代谢网络、蛋白互作网络,对多个细菌基因组进行了系统生物学分析,为研究微生物组与作物互作奠定了坚实基础。
近些年以通讯或第一作者在Nat. Genetics, Nat. Plant, Science Advances, Genome Biology, PNAS, Nat. Commun., Nucleic Acids Res., Mol. Plant等国际权威及核心期刊发表SCI论文80余篇,所发表论文被引用3100次。多次为Mol. Plant, Bioinformatics, Plant J., J. Mol. Evol., BMC Genomics, Genetics, Gene,《遗传》、《生物化学与生物物理进展》等国内外知名刊物审稿。先后荣获教育部新世纪优秀人才、国务院政府特殊津贴等荣誉称号。
(1)开发了多个植物生物信息工具及数据库,包括植物单链导向RNA设计工具CRISPR-P,植物自然反义转录本NAT数据库等。CRISPR-P是目前国内外最通用的植物的CRISPR/Cas9系统单链导向RNA设计工具,年访问量超过20万次(Mol. Plant, 2014,唯一通讯作者;Mol. Plant, 2017,共同通讯作者);PlantNATsDB是最全面的植物自然反义转录本数据库,整合了高通量sRNAs测序数据和GO功能注释来探索NATs的潜在生物学功能并提供相应分析工具(Nucleic Acids Res., 2012, 共同通讯作者)。
(2)作为生物信息负责人参与多种作物基因组解析,包括甜橙、籼稻明恢63及珍汕97,栽培玉米Mo17及玉米祖先近亲品种大刍草等,负责基因组的组装注释、重测序数据分析及生物信息平台构建工作。分析发现甜橙基因组中约有一半基因处于杂合状态,并有显著的橘和柚遗传特征,阐明了甜橙起源这一重要问题(Nat. Genetics, 2013, 共同第一作者;Plant J., 2013, 共同通讯作者);水稻基因组研究为全球提供了两份高质量的籼稻参考基因组(Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2016, 共同第一作者),为进一步阐明杂种优势的生物学机理,提高杂种优势利用奠定了坚实基础。利用合作者构建的玉米Mo17与大刍草类蜀黍的回交重组自交系群体,通过遗传设计将复杂的玉米和类蜀黍的基因组分成多个区段,从而组装了两亲本基因组(Nat. Commun., 2017,共同通讯作者)。
(3)构建了多种作物及病原菌的代谢网络、蛋白互作网络,对多个细菌基因组进行了系统生物学分析,为研究微生物组与作物互作奠定了坚实基础。
近些年以通讯或第一作者在Nat. Genetics, Nat. Plant, Science Advances, Genome Biology, PNAS, Nat. Commun., Nucleic Acids Res., Mol. Plant等国际权威及核心期刊发表SCI论文80余篇,所发表论文被引用3100次。多次为Mol. Plant, Bioinformatics, Plant J., J. Mol. Evol., BMC Genomics, Genetics, Gene,《遗传》、《生物化学与生物物理进展》等国内外知名刊物审稿。先后荣获教育部新世纪优秀人才、国务院政府特殊津贴等荣誉称号。
研究兴趣
论文共 271 篇作者统计合作学者相似作者
按年份排序按引用量排序主题筛选期刊级别筛选合作者筛选合作机构筛选
时间
引用量
主题
期刊级别
合作者
合作机构
Lingling Chen,Juxin Hao,Kaikai Qiao, Ningna Wang,Lina Ma, Zhe Wang, Jin Wang, Xiaoyan Pu,Shuli Fan,Qifeng Ma
PHYSIOLOGIA PLANTARUMno. 3 (2024): e14331-e14331
COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL (2024): 316-329
Biotechnology for Biofuels and Bioproductsno. 1 (2024): 1-14
Yu-Yu Zheng, Lin-Hua Chen, Bing-Liang Fan, Zhenni Xu, Qiuxia Wang, Bo-Yuan Zhao, Min Gao,Min-Hui Yuan,Muhammad Tahir ul Qamar,Yuanyuan Jiang, Liu Yang,Lingqiang Wang,
PLANT PHYSIOLOGYno. 4 (2024): 2491-2510
Lingling Chen,Lan Zhu,Xiaohui Liu,Lu Chen, Han Zhou, Huixin Ma, Guilan Sun, Ashadu Nyande,Zhaohu Li,Honghong Wu
The Crop Journal (2024)
aBIOTECHpp.1-16, (2024)
Lei He, Qian Wu,Zhaoyong Zhang,Lingling Chen, Kuai Yu,Leibin Li, Qiong Jia,Yanqun Wang,Jianqiang Ni,Chuanbin Wang, Qi Li,Xinyan Zhai,
Molecular pharmaceutics (2024)
Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao (2024)
加载更多
作者统计
合作学者
合作机构
D-Core
- 合作者
- 学生
- 导师
数据免责声明
页面数据均来自互联网公开来源、合作出版商和通过AI技术自动分析结果,我们不对页面数据的有效性、准确性、正确性、可靠性、完整性和及时性做出任何承诺和保证。若有疑问,可以通过电子邮件方式联系我们:report@aminer.cn