L'activité du Professeur Guigay a été récompensée par de nombreuses distinctions officielles : Chevalier de la Légion d'honneur (2004), Chevalier de l'Ordre National du Mérite (2000), Médaillé de bronze au titre des travaux scientifiques et techniques (1999), Prix de la Société Française de Médecine des Armées (1989) et Médaillé de la Défense Nationale "agrafe Service de Santé" échelon bronze (1988).