主要开展生物大分子的结构与功能研究、高通量药物筛选模型的构建，以及新药研究。
在生物大分子结构与功能方面，主要开展密码子的稳定性、氨基酸的构象偏好性、分子模建、以及功能蛋白质组学研究，建立起蛋白质二级结构预测系统软件PSSP。而且部分蛋白质的分子模建已被美国Brookhaven PDB数据库收录(PDB code分别为1UV9和1VZ1)。
在高通量药物筛选方面，将生物大分子的结构预测与高通量药物筛选模型有机地结合起来，构建抗血栓和抗早老性痴呆的高通量药物筛选模型。同时，发现了GPIIIa一个突变的cDNA片段具有转录激活的活性，进一步将该功能区定位到GPIIIa（23-77）片段。
在新药研究方面，开展计算机辅助药物设计研究。一方面，开展新型抗血小板聚集化合物的设计、合成、药理活性以及三维构效关系研究，发现了全新化合物TQP-3（专利授权号为ZL03132021X），并得到了南京市和南京大学的奖励。另一方面，开展新型导向性纤维蛋白原受体拮抗剂（Annexin V-Decorsin融合蛋白）的基因工程研究。同时，发现某些反义寡聚核苷酸基序对于反义药物设计具有指导意义；还开展了药物吸收、分布、代谢、排泄和毒性研究，并建立了一套药物代谢预测系统软件（ADMET）；也开展中药信息学研究，建立了糖尿病中药验方数据库(CTMD) 。