主要从事植物病毒与寄主和传毒介体间的分子互作、细胞自噬、植物新病毒鉴定、植物病毒基因组功能及变异进化、抗植物病毒病生物新品种培育、植物病原超灵敏血清学及分子检测、作物病毒病预警和绿色防控等领域的研究工作。阐明了水稻条纹病毒的基因组功能，系统地研究了水稻条纹病毒和水稻黑条矮缩病毒与水稻寄主及传毒介体灰飞虱间的分子互作机理，揭示了水稻黑条矮缩病毒引起介体灰飞虱细胞自噬及其抑制灰飞虱PKC天然免疫途径的分子机制，利用RNA-seq和生物信息学技术发现多种植物新病毒，制备了南方水稻黑条矮缩病毒、玉米褪绿斑驳病毒、黄瓜绿斑驳花叶病毒、瓜类果斑病菌、水稻细菌性条斑病菌、水稻白叶枯病菌、梨火疫病菌、猕猴桃溃疡病菌等70多种重要作物病原的单克隆抗体，开发成这些作物病原的血清学快速检测技术及检测试剂盒，检测试剂盒经农业农村部推广后在全国大规模检测应用，并与农业农村部、各级植保站一起建成我国多种水稻病毒的预测预警和实时监控平台，为水稻病毒病的科学防控作出重要贡献。先后主持国家自然科学基金面上项目、国家重点研发计划子项目、国家重点基础研究发展计划（973计划）子项目、浙江省自然基金重点项目、海南省重点研发项目等40多项课题。获国家科学技术进步二等奖1项、浙江省和重庆市科学技术奖一等奖各1项、浙江省科学技术奖二等奖2项、教育部科学技术进步奖一等奖和技术发明奖二等奖各1项；在Autophagy、Molecular Plant、Plant Biotechnology Journal、Philosophical Transactions of the Royal Society B-Biological Sciences、PLoS Pathogens、Journal of Virology、Frontiers in Microbiology、Viruses、Molecular Plant Pathology、农业生物技术学报、微生物学报等国内外学术刊物上已发表论文153篇，其中SCI论文83篇。主编“分子生物学实验”教材1本，参编“普通植物病理学”教材1本，参编“Plant Virology”论著1本，参与撰写国家或行业标准8项、获授权国家发明专利57件。