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    徐建国及其团队长期在第一线,从事新发、突发、重大、不明原因性传染病疫情的病原学研究,主持完成9起在我国有较大影响的传染病疫情或事件的病原学调查,包括1999年苏皖大肠杆菌O157:H7疫情、2005年四川人感染猪链球菌疫情、2005年C群流脑4821序列群疫情、2006年安徽人粒细胞无形体病疫情、SARS病毒动物宿主调查等。发现嗜吞噬细胞无形体可人-人传播, 发现猪链球菌的多点平行传播模式,提出行为生态传染病的学术观点。近年来致力于野生动物病原体的调查,发展了细菌宏分类学技术,发现和命名了十余种新的细菌,发现青藏高原野生动物喜马拉雅旱獭、秃鹫等在病原体传播、进化方面具有独特的作用。所取得的科研成果,提高了传染病疫情应急处置的科技水平和控制效果,也发表了多篇有影响力的论文。1997年获国家科技进步二等奖,2001年获何梁何利奖。