Son domaine préférentiel d’expertise et de recherche est l’évaluation des nouveaux traitements anti-infectieux.

L’implication du Pr Reynes dans les essais thérapeutiques internationaux l’a amené à devenir un expert reconnu des nouvelles molécules et stratégies thérapeutiques dans le champ du VIH/SIDA. Il est l’auteur de plus de 250 publications originales dans des revues internationales à comité de lecture dans le domaine de l’infectiologie et a participé en 2019 à la rédaction du nouvel ouvrage de référence francophone sur l’infection à VIH. Il préside la fédération hospitalo-universitaire « Infections and Chronicity ».