L'attivita di ricerca si e principalmente concentrata nello studio delle neoplasie mieloproliferative croniche.ll prof.Passamonti ha partecipato,in collaborazione con altri Centri internazionali,all'identificazione della mutazione JAK2(V617F),che nel 2008 e stata inclusa dalla classificazione WHO (World Health Organization)come criterio diagnostico essenziale delle neoplasia mieloproliferative croniche Ph-negative.
Ha inoltre studiato l'applicazione traslazionale delle acquisizioni molecolari rilevando il ruolo delle mutazioni del gene JAK2 (esone 14 e 12),del gene MPL e,piu recentemente,del gene CALR nella caratterizzazione prognostica e nella gestione clinica delle neoplasie mieloproliferative.Il prof.Passamonti partecipa a studi traslazionali internazionali sul ruolo di altre mutazioni piu rare come ASXL1,SRSF2, EZH2,/DH1-2 nelle suddette patologie.Ha inoltre partecipato a studi volti all'identificazione delle forme familiari delle neoplasie mieloproliferative,definendo il ruolo delle mutazioni driver.Ha inoltre coordinato studi clinici internazionali che hanno portato alla definizione di modelli prognostici nella trombocitemia essenziale (IPSET,International Prognostic Score for Essential Thrombocythemia),e nella mielofibrosi primaria(DIPSS,Dynamic International Prognostic Scoring System).Ha cooperato nello svolgimento di studi internazionali sulla definizione prognostica della policitemia vera e di studi di modelli prognostici per la mielofibrosi primaria basati sulle alterazioni genetiche (DIPSS-plus)e mutazionali (MIPSS,Mutation-based International Prognostic Scoring System).Ha recentemente coordinato uno studio sulle mielofibrosi post PV e post ET con la definizione di correlazioni genotipo fenotipi e la costruzione di un modello prognostico (MYSEC-PM).