Als Direktor der Stiftung Swisstransplant forscht Franz Immer auf dem Gebiet der Organspende und -transplantation und publiziert zu Themen der Organspende und Transplantationsmedizin. Neben seinem Interesse an der Optimierung des Organspendewesens fokussiert Franz Immer vor allem auf klinisch relevante Themen zur Beurteilung von Organspenderinnen und Organspendern und dem damit verbundenen Transplantationsergebnis. Auf dem Gebiet der Herz- und Gefässchirurgie hat er sich schwerpunktmässig mit dem Einfluss und der Optimierung des tief hypothermen Kreislaufstillstands in der Chirurgie der Aorta auseinandergesetzt und zahlreiche Arbeiten publiziert.
Als Mitglied der medizinischen Fakultät der Universität Bern hat Franz Immer gegen 70 medizinischen Doktorarbeiten (Masterthesen) erfolgreich begleitet.